Ernst Heinkel fondò la Heinkel Flugzeugwerke nel 1922, dopo che il Trattato di Versailles aveva allentato le restrizioni sull'aviazione tedesca. Il primo successo dell'azienda fu l'Heinkel He 70 Blitz, un aereo postale ad alta velocità e un aereo di linea per la Deutsche Luft Hansa nel 1932. Seguì il bimotore Heinkel He 111 Doppel-Blitz, che divenne un pilastro della Luftwaffe durante la Seconda Guerra Mondiale. La sede centrale di Heinkel era a Rostock, con un campo d'aviazione nel quartiere di Rostock/Schmarl. L'azienda aveva anche un secondo stabilimento a Schwechat, in Austria, dopo l'Anschluss del 1938.
Heinkel è associato soprattutto agli aerei utilizzati dalla Luftwaffe durante la Seconda Guerra Mondiale. Tra questi, l'He 70 e l'He 111, adattati per essere utilizzati come bombardieri, e l'Heinkel He 177, l'unico bombardiere pesante operativo della Luftwaffe. Questi aerei erano dotati di avanzati dispositivi di navigazione notturna, come lo Z-Gerät, l'Y-Gerät e il Knickebein, sviluppati da Johannes Plendl. Questi dispositivi sono oggi comuni a tutti gli aerei commerciali.